日本時間の 2012年7月1日午前9時 うるう秒 調整が実施されましたが、ntpd の補正がどのように振舞うのか、ntpq -np の出力を観測してみました。
CentOS 5 x86_64 + ntp-4.2.2p1-9.el5_3.2 (slew モード -x オプション) です。
remote refid st t when poll reach delay offset jitter
==============================================================================
2012-07-01 04:02:18 *219.xxx.yy.zz 192.168.u.vvv 2 u 613 1024 377 12.831 -0.952 21.164
2012-07-01 04:32:18 *219.xxx.yy.zz 192.168.u.vvv 2 u 363 1024 377 12.187 -1.422 0.422
2012-07-01 05:02:18 *219.xxx.yy.zz 192.168.u.vvv 2 u 113 1024 377 11.911 -1.562 0.984
2012-07-01 05:32:18 *219.xxx.yy.zz 192.168.u.vvv 2 u 887 1024 377 11.911 -1.562 0.485
2012-07-01 06:02:18 *219.xxx.yy.zz 192.168.u.vvv 2 u 636 1024 377 13.371 -1.439 3.338
2012-07-01 06:32:18 *219.xxx.yy.zz 192.168.u.vvv 2 u 389 1024 377 13.422 -1.389 2.102
2012-07-01 07:02:18 *219.xxx.yy.zz 192.168.u.vvv 2 u 139 1024 377 10.875 -3.526 0.334
2012-07-01 07:32:18 *219.xxx.yy.zz 192.168.u.vvv 2 u 916 1024 377 10.537 -4.184 0.992
2012-07-01 08:02:18 *219.xxx.yy.zz 192.168.u.vvv 2 u 667 1024 377 11.885 -3.829 0.914
2012-07-01 08:32:18 *219.xxx.yy.zz 192.168.u.vvv 2 u 419 1024 377 12.479 -2.801 0.037
2012-07-01 09:02:18 *219.xxx.yy.zz 192.168.u.vvv 2 u 168 1024 377 11.131 -3.257 11.100
2012-07-01 09:32:18 219.xxx.yy.zz 192.168.u.vvv 2 u 942 1024 377 14.296 -1001.0 986.659
2012-07-01 10:02:18 +219.xxx.yy.zz 192.168.u.vvv 2 u 691 1024 377 11.954 -900.19 118.193
2012-07-01 10:32:18 *219.xxx.yy.zz 192.168.u.vvv 2 u 443 1024 377 11.681 -795.11 100.385
2012-07-01 11:02:18 *219.xxx.yy.zz 192.168.u.vvv 2 u 193 1024 377 16.832 -519.76 96.828
2012-07-01 11:32:18 *219.xxx.yy.zz 192.168.u.vvv 2 u 969 1024 377 16.832 -519.76 83.788
2012-07-01 12:02:18 *219.xxx.yy.zz 192.168.u.vvv 2 u 721 1024 377 12.516 -373.72 66.502
2012-07-01 12:32:18 *219.xxx.yy.zz 192.168.u.vvv 2 u 474 1024 377 17.056 -246.34 51.731
2012-07-01 13:02:18 *219.xxx.yy.zz 192.168.u.vvv 2 u 225 1024 377 15.727 -97.721 45.772
2012-07-01 13:32:18 *219.xxx.yy.zz 192.168.u.vvv 2 u 1000 1024 377 15.727 -97.721 30.503
2012-07-01 14:02:18 *219.xxx.yy.zz 192.168.u.vvv 2 u 748 1024 377 12.229 -23.726 31.822
2012-07-01 14:32:18 *219.xxx.yy.zz 192.168.u.vvv 2 u 501 1024 377 14.533 60.172 1.022
2012-07-01 15:02:18 *219.xxx.yy.zz 192.168.u.vvv 2 u 251 1024 377 14.231 84.031 18.929
2012-07-01 15:32:18 *219.xxx.yy.zz 192.168.u.vvv 2 u 2 1024 377 13.800 124.631 17.261
2012-07-01 16:02:18 *219.xxx.yy.zz 192.168.u.vvv 2 u 776 1024 377 13.407 156.855 14.962
2012-07-01 16:32:18 *219.xxx.yy.zz 192.168.u.vvv 2 u 529 1024 377 10.603 166.262 7.274
2012-07-01 17:02:18 *219.xxx.yy.zz 192.168.u.vvv 2 u 277 1024 377 12.336 185.132 9.301
2012-07-01 17:32:18 *219.xxx.yy.zz 192.168.u.vvv 2 u 28 1024 377 13.053 202.397 0.055
2012-07-01 18:02:18 *219.xxx.yy.zz 192.168.u.vvv 2 u 805 1024 377 13.053 202.397 28.663
2012-07-01 18:32:18 *219.xxx.yy.zz 192.168.u.vvv 2 u 555 1024 377 13.432 209.414 2.174
2012-07-01 19:02:18 *219.xxx.yy.zz 192.168.u.vvv 2 u 308 1024 377 14.631 212.225 4.011
2012-07-01 19:32:18 *219.xxx.yy.zz 192.168.u.vvv 2 u 56 1024 377 13.349 214.017 0.057
2012-07-01 20:02:18 *219.xxx.yy.zz 192.168.u.vvv 2 u 832 1024 377 14.411 213.960 1.213
2012-07-01 20:32:18 *219.xxx.yy.zz 192.168.u.vvv 2 u 583 1024 377 13.615 203.817 6.336
2012-07-01 21:02:18 *219.xxx.yy.zz 192.168.u.vvv 2 u 334 1024 377 17.122 197.009 2.029
2012-07-01 21:32:18 *219.xxx.yy.zz 192.168.u.vvv 2 u 88 1024 377 18.445 198.370 18.541
2012-07-01 22:02:18 *219.xxx.yy.zz 192.168.u.vvv 2 u 862 1024 377 16.281 194.083 14.255
2012-07-01 22:32:18 *219.xxx.yy.zz 192.168.u.vvv 2 u 613 1024 377 13.269 187.763 14.045
2012-07-01 23:02:18 *219.xxx.yy.zz 192.168.u.vvv 2 u 365 1024 377 14.249 180.813 2.089
このデータを見ると、ずれが収まるまでには思いのほか時間がかかるようで、うるう秒調整が実施されてから14時間後の現在でも、上位 NTP サーバと180ミリ秒ほど開きがあります。
offset の値のプラス/マイナスについて、明確に記憶していませんでしたが、上記データから、その NTP サーバが提示する時刻が、サーバのシステム時刻より前である場合、マイナスということですね。
なので、今 +180 ミリってことは、上位 NTP サーバから 180 ミリ秒遅れているわけか。
この続きのデータは、また明日見てみます。
2012-07-02追記
昨晩の続きのデータは、次のようになってました。
remote refid st t when poll reach delay offset jitter
==============================================================================
2012-07-01 23:32:18 *219.xxx.yy.zz 192.168.u.vvv 2 u 113 1024 377 16.669 175.530 42.274
2012-07-02 00:02:18 *219.xxx.yy.zz 192.168.u.vvv 2 u 890 1024 377 27.000 167.411 50.393
2012-07-02 00:32:18 *219.xxx.yy.zz 192.168.u.vvv 2 u 640 1024 377 10.899 164.112 2.428
2012-07-02 01:02:18 *219.xxx.yy.zz 192.168.u.vvv 2 u 392 1024 377 17.415 154.429 12.125
2012-07-02 01:32:18 *219.xxx.yy.zz 192.168.u.vvv 2 u 143 1024 377 13.487 144.749 3.697
2012-07-02 02:02:18 *219.xxx.yy.zz 192.168.u.vvv 2 u 917 1024 377 12.823 135.426 5.625
2012-07-02 02:32:18 *219.xxx.yy.zz 192.168.u.vvv 2 u 668 1024 377 12.132 131.629 5.259
2012-07-02 03:02:18 *219.xxx.yy.zz 192.168.u.vvv 2 u 420 1024 377 11.726 120.271 3.557
2012-07-02 03:32:18 *219.xxx.yy.zz 192.168.u.vvv 2 u 170 1024 377 11.441 115.966 3.173
2012-07-02 04:02:16 *219.xxx.yy.zz 192.168.u.vvv 2 u 944 1024 377 11.231 107.834 4.959
2012-07-02 04:32:16 *219.xxx.yy.zz 192.168.u.vvv 2 u 184 512 377 13.227 90.511 6.811
2012-07-02 05:02:16 *219.xxx.yy.zz 192.168.u.vvv 2 u 448 512 377 11.007 85.097 6.125
2012-07-02 05:32:16 *219.xxx.yy.zz 192.168.u.vvv 2 u 199 512 377 10.028 65.927 4.114
2012-07-02 06:02:16 *219.xxx.yy.zz 192.168.u.vvv 2 u 463 512 377 11.529 57.629 5.778
2012-07-02 06:32:16 *219.xxx.yy.zz 192.168.u.vvv 2 u 726 1024 377 11.231 50.067 3.147
2012-07-02 07:02:16 *219.xxx.yy.zz 192.168.u.vvv 2 u 479 1024 377 12.781 49.581 0.441
2012-07-02 07:32:16 *219.xxx.yy.zz 192.168.u.vvv 2 u 227 1024 377 12.351 47.561 1.351
2012-07-02 08:02:16 *219.xxx.yy.zz 192.168.u.vvv 2 u 1002 1024 377 11.107 46.045 1.515
2012-07-02 08:32:16 *219.xxx.yy.zz 192.168.u.vvv 2 u 751 1024 377 11.073 44.120 15.058
2012-07-02 09:02:16 *219.xxx.yy.zz 192.168.u.vvv 2 u 505 1024 377 12.946 41.379 1.681
2012-07-02 09:32:16 *219.xxx.yy.zz 192.168.u.vvv 2 u 256 1024 377 11.038 37.101 6.429
2012-07-02 10:02:16 *219.xxx.yy.zz 192.168.u.vvv 2 u 5 1024 377 12.444 37.810 0.185
2012-07-02 10:32:16 *219.xxx.yy.zz 192.168.u.vvv 2 u 267 512 377 14.939 36.484 25.669
2012-07-02 11:02:16 *219.xxx.yy.zz 192.168.u.vvv 2 u 12 128 377 10.509 21.750 6.330
2012-07-02 11:32:16 *219.xxx.yy.zz 192.168.u.vvv 2 u 11 128 377 10.696 10.668 3.874
2012-07-02 12:02:16 *219.xxx.yy.zz 192.168.u.vvv 2 u 15 256 377 13.222 5.393 5.583
2012-07-02 12:32:16 *219.xxx.yy.zz 192.168.u.vvv 2 u 275 512 377 11.597 2.826 2.155
2012-07-02 13:02:16 *219.xxx.yy.zz 192.168.u.vvv 2 u 24 512 377 11.602 4.860 0.627
2012-07-02 13:32:16 *219.xxx.yy.zz 192.168.u.vvv 2 u 285 1024 377 12.522 4.768 3.272
2012-07-02 14:02:16 *219.xxx.yy.zz 192.168.u.vvv 2 u 34 1024 377 12.450 6.383 1.396
2012-07-02 14:32:16 *219.xxx.yy.zz 192.168.u.vvv 2 u 809 1024 377 12.383 7.734 0.046
2012-07-02 15:02:16 *219.xxx.yy.zz 192.168.u.vvv 2 u 561 1024 377 13.710 6.254 2.814
2012-07-02 15:32:16 *219.xxx.yy.zz 192.168.u.vvv 2 u 312 1024 377 13.091 9.562 0.215
2012-07-02 16:02:16 *219.xxx.yy.zz 192.168.u.vvv 2 u 62 1024 377 12.187 8.944 1.301
2012-07-02 16:32:16 *219.xxx.yy.zz 192.168.u.vvv 2 u 838 1024 377 12.651 10.245 3.777
2012-07-02 17:02:16 *219.xxx.yy.zz 192.168.u.vvv 2 u 80 512 377 11.899 10.865 0.806
2012-07-02 17:32:16 *219.xxx.yy.zz 192.168.u.vvv 2 u 82 256 377 11.432 9.104 1.885
2012-07-02 18:02:16 *219.xxx.yy.zz 192.168.u.vvv 2 u 87 128 377 10.328 6.771 0.873
2012-07-02 18:32:16 *219.xxx.yy.zz 192.168.u.vvv 2 u 89 128 377 11.186 4.603 0.883
2012-07-02 19:02:16 *219.xxx.yy.zz 192.168.u.vvv 2 u 94 256 377 11.876 4.625 1.519
まだ、細かい波があるやうな感じですが、10 ミリ秒未満となった 12:00 あたりが収束だとすると、27時間要したことになります。
この結果をふまえると、step モードで正しく推移（時刻の逆行が１秒発生する）させたい気分になりますが、１秒戻りがどんな作用を及ぼすか、事前に完璧に調べあげることなど不可能であり、予期しないトラブルを避けるため、商用で使っているようなサーバでは、やはり slew モード (-x オプション) にしておいたほうが無難なのではないでしょうかね。くわばら、くわばら。
2015-02-01追記
前回の実施から２年半経過した今年１月はじめ、次回の うるう秒（閏秒）が 2015年7月1日(水) AM 9:00:00（日本時間）に実施されることが発表されました。
記憶されている方も多いものと思いますが、上記の記事を書いたまさしくその頃に、Linux カーネル内の うるう秒対応処理に新たな不具合が発見され、世界中の多数の Linux サーバでトラブルが発生しました。
知らずに、またしてもその罠にハマるのも残念ですので、微力ですが、その不具合について、情報追加しておきたいと思います。
まず、レッドハット社の公開情報は、次のとおりです。
https://bugzilla.redhat.com/show_bug.cgi?id=836803
https://rhn.redhat.com/errata/RHSA-2013-0496.html
読んでもらうとわかりますが、RHEL6/CentOS6 のカーネルに内在していた不具合であり、2.6.32-358.el6 で修正されています。ですので、もしも今現在も、古いカーネルを利用し続けているなら、単純には前記したバージョンより新しいカーネルにアップデートすれば良いことになります。
とは言うものの、世間には様々な事情により、カーネルアップデートが実施できない（許可してもらえない）ということも、ままあるものと思います。その場合はどうしたら良いのか？
まず、うるう秒の実施指示（Leap Indicator）は、NTP プロトコルによってもたらされる（通知される）わけですから、NTP クライアント（ntpd など）を動かしていないなら、うるう秒を知る由もないということが言えます。
勿論のこと、大部分のサーバでは ntpd を動かしていることでしょう。ですから、
選択肢の１つとしては、うるう秒実施の前後だけ、一時的に ntpd を止めておくという運用方法が考えられます。ここで注意しなければならないのが、
うるう秒の実施を通知する Leap Indicator のフラグは、うるう秒実施の 24 時間前からオンになるという点です。ntpd は、受信した Leap Indicator を Linux カーネルに伝達し、カーネルはうるう秒の実施準備を行ってしまいます。カーネルまで Leap Indicator が伝達されてしまうと、キャンセルするには再起動するしかなくなります。
したがって、もし ntpd を一時的に止める運用を行うのであれば、6月30日 AM 9:00（日本時間）より前に停止する必要があります。実際には、余裕を見て、例えば AM 8:00 に止めるなどというスケジュールになるものと思います。
上位 NTP サーバから通知される Leap Indicator の値は、次のコマンドで確認できます。
[root@hoge ~]# ntpq -c readvar
...
processor="x86_64", system="Linux/2.6.32-220.el6", leap=00,
...
leap=00 は通常状態であり、leap=01 だったらば、うるう秒挿入指示を受信済みであることを示します。
さて、当然ですが ntpd を止めたら時刻が少しは狂う（ずれる）ことになります。どれだけずれてしまうかは、マシン毎に個体差があるはずですが、まる１日 ntpd を止める程度なら、プラスマイナス数秒程度ではないかと思います。＃これは、
後日実験してみたいと思います。
プラスマイナス数秒の時刻ずれも許容できない場合はどうしたら良いのか？
ntpd を動かしたまま、Linux カーネルによる うるう秒調整動作を行わないようにするには、ntpd が、カーネルに Leap Indicator を伝達しないようにできれば良いです。そのパラメータは次のとおりです。/etc/ntp.conf の末尾に指定します。
...
server xxx.yyy.zzz.uuu iburst
...
disable kernel
この設定を施してから、service ntpd restart を実行すればよいです。本当に disable になったかどうかは、次のコマンドで確認できます。
[root@hoge ~]# ntpdc -c sysinfo
...
system flags: auth ntp kernel stats ※正しく設定できれば、kernel が消えます
...
もっとも、slew モード（ntpd -xオプション付き）で動作している場合には、disable kernel がデフォルトになっているはずなので、設定を変更する前に、現在の動作状態を ntpdc コマンドで確認するとよいです。バージョンの古い ntpd は、slew モードでも enable kernel がデフォルトだったものがありますので、やはり、ntpdc コマンドで確認しておいたほうがよいと思います。
disable kernel に対応する処理部分は、次の箇所です。ntp-4.2.6p5-2.el6 より抜粋です。
...
502 if (pll_control && kern_enable) {
...
557 if (sys_leap == LEAP_ADDSECOND)
558 ntv.status |= STA_INS;
559 else if (sys_leap == LEAP_DELSECOND)
560 ntv.status |= STA_DEL;
561 }
562
563 /*
564 * Pass the stuff to the kernel. If it squeals, turn off
565 * the pps. In any case, fetch the kernel offset,
566 * frequency and jitter.
567 */
568 if (ntp_adjtime(&ntv) == TIME_ERROR) {
569 if (!(ntv.status & STA_PPSSIGNAL))
570 report_event(EVNT_KERN, NULL,
571 "PPS no signal");
572 }
...
"ntpd/ntp_loopfilter.c"
disable kernel を設定すると、kern_enable の値がゼロになり、うるう秒の実施をカーネルに伝達しなくなります。
また、slew モードなら disable kernel になるという処理は、次の部分です。
...
163 if (HAVE_OPT( SLEW )) {
164 clock_max = 600;
165 kern_enable = 0;
166 }
...
"ntpd/cmd_args.c"
2016-12-11追記
次回の うるう秒挿入（日本時間2017年1月1日8時59分59秒）が迫ってますが、RHEL7 のカーネル不具合情報と修正版カーネルが公開されたので、追記しておきます。
http://rhn.redhat.com/errata/RHBA-2016-2862.html
https://access.redhat.com/solutions/2766351
カーネル 3.10.0-514.2.2.el7 で修正されたようですが、すぐにアップデートできないなら、ntpd の slew モードを使っておけばよいです。または、ntpd を一時的に止めておく方法も可能。ちなみに、今回のRHEL7のカーネル不具合（発症するとCPU100%）は、発生確率がけっこう低い (500回試して1回程度と記載されてます) ようです。
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2015年7月1日の うるう秒 調整時の ntpd の挙動観測データ
2017年1月1日の うるう秒 調整時の ntpd の挙動観測データ (記載予定)
